诸神缄默不语-个人CSDN博文目录

文章目录

1. 数据集基本情况介绍1.1 Cora数据集1.2 SiteSeer数据集1.3 PubMed

2. PyG数据集的Planetoid调用接口3. Planetoid官方数据处理方式4. 原始数据处理介绍5. CogDL的数据集调用接口6. 本文撰写过程中所使用的参考资料

Cora，CiteSeer，PubMed应该是GNN学习过程中没有人能逃得过的三大关口，在数据集上的意义可能相当于GCN，GraphSAGE，GAT之于空域GNN的意义。 本文旨在介绍御三家数据集，包括其基本信息和使用方式。 您可以根据您所需数据使用情况来观看本文。譬如若您只想在PyG建模时调用该数据集，可以仅观看第一节；如果您想了解如何将原始数据处理成类似御三家数据集的格式，可以仅观看第三节。 Enjoy！

本文将首先介绍数据集的基本情况，接下来以集成度从高到底的顺序进行撰写数据集的调取和使用方式： 第2节，从PyG的数据集调用接口开始介绍数据集的使用方式，并在这一节介绍三个数据集的基本信息（毕竟集成度高，数据很好用）。 第3节，介绍Planetoid数据（PyG数据来源）的使用和处理方式。 第4节，介绍从原始数据来源下载并处理数据的方式，包括如何将这种类似的原始数据处理成类Planetoid数据的方式。 第5节，最后介绍另一个集成度较高、但是流行度较低的CogDL中的数据集接口及使用方式。

1. 数据集基本情况介绍

Cora，CiteSeer，PubMed是三个文献引用网络数据集。 都是一张无向图，节点代表文件（论文文献），边代表引用关系。 标签在节点上，多分类任务。 节点特征是word vector，每一元素都是0-1二元变量，描述每个单词在paper中是否存在。统计时经过了stemming1和去除停用词，并去掉了小于10篇文档中出现过的单词。

1.1 Cora数据集

2708个节点，5429条边。标签共7个类别。数据集的特征维度是1433维。

Cora数据集的节点是机器学习论文，论文主题（标签）分为以下七类之一： Case_Based基于案例 Genetic_Algorithms遗传算法 Neural_Networks神经网络 Probabilistic_Methods概率方法 Reinforcement_Learning强化学习 Rule_Learning规则学习 Theory理论

论文的选择方式是，在最终语料库中，每篇论文引用或被至少一篇其他论文引用（即没有孤立点存在）。

1.2 SiteSeer数据集

3312个节点，4723条边。标签共7个类别。数据集的特征维度是3703维。

论文主题（标签）分为以下七类之一： Agents AI DB IR ML HCI

论文的选择方式是，在最终语料库中，每篇论文引用或被至少一篇其他论文引用（即没有孤立点存在）。

1.3 PubMed

略。

2. PyG数据集的Planetoid调用接口

torch_geometric.datasets.Planetoid官方文档

略。

PyG所使用的御三家数据来源就是这篇论文：Revisiting Semi-Supervised Learning with Graph Embeddings. Zhilin Yang, William W. Cohen, Ruslan Salakhutdinov. ICML 2016.。对此的详细介绍见本文第二节。

3. Planetoid官方数据处理方式

kimiyoung/planetoid: Semi-supervised learning with graph embeddings

略。

4. 原始数据处理介绍

数据集来源：Datasets | LINQS

Cora数据集下载地址：https://linqs-data.soe.ucsc.edu/public/lbc/cora.tgz CiteSeer数据集下载地址：https://linqs-data.soe.ucsc.edu/public/lbc/citeseer.tgz PubMed数据集下载地址：https://linqs-data.soe.ucsc.edu/public/Pubmed-Diabetes.tgz

Linux可以通过wget下载文件，并用tar解压。 tgz压缩包中都含有README文件，介绍数据情况。

Cora压缩包里的README文件里面说数据集来源是这个网站：www.research.whizbang.com/data，我打不开这个网站就很离谱……

略。

5. CogDL的数据集调用接口

CogDL官网（中文版）：CogDL工具包 THUDM/cogdl: CogDL: An Extensive Toolkit for Deep Learning on Graphs

cogdl/gat.py at master · THUDM/cogdl

略。

6. 本文撰写过程中所使用的参考资料

GCN使用的数据集Cora、Citeseer、Pubmed、Tox21格式_知行合一，止于至善-CSDN博客_citeseer数据集 对御三家数据集，主要介绍了Planetoid中数据格式的处理方法。图数据集之cora数据集介绍- 用pyton处理 - 可用于GCN任务_kakazai.cn-CSDN博客_cora数据集 对原始数据的处理方法。Cora数据集介绍+python读取_小执着的博客-CSDN博客_cora数据集稀疏矩阵：

scipy的sparse官方文档SciPy稀疏矩阵模块简介 - 知乎稀疏矩阵的存储方法（DOK、LIL、COO、CSR, CRS）_houzhizhen的专栏-CSDN博客 GCN代码中加载数据部分：gcn/utils.py at master · tkipf/gcn在linux中如何解压.tgz_漂洋过海的油条的博客-CSDN博客_tgz解压

词干提取（stemming）和词形还原（lemmatization）比较_kaierlong的博客-CSDN博客 就stemming大概来说就是把一个词的各种形式归为同一。 ↩︎

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