1.设置工作目录和安装和加载所需的R包

 需要安装vegan包，利用命令install.packages("vegan")

 如图显示，表明安装成功并加载

 2.导入数据

利用read.table()函数来导入原始数据

 header=T表示将第一行设置为列名，row.names=1表示将第1列设置为行名

下图，数据读取成功

 

 然后将读取的数据存储到一个新的变量data中，方便后期处理

data <- read.table("ruf_trans.txt",header=T,sep="\t",row.names=1)

3.绘图

利用pheatmap(data)可以直接出图，但是比较难看，需要调整相关参数

 3.1首先对原始数据进行标准化

这里自己选择对数据的行进行 Z-scores 标准化和中性化处理

#data.1 <- as.data.frame(scale(data))#第二种方法，但是这个默认是对列进行处理

 利用apply（）函数查看data.1的标准差

 然后对标准化之后的data.1进行绘图，看看效果

pheatmap(data.1)

3.2绘图美化

3.2.1对热图聚类的方式进行修改

clustering_method参数来设定不同聚类方法

# 使用clustering_method参数来设定不同聚类方法，默认为"complete",

#可以设定为'ward', 'ward.D', 'ward.D2', 'single', 'complete', 'average', 'mcquitty', 'median' or 'centroid'等

pheatmap(data.1, clustering_method = "mcquitty")

 

 3.2.2 cluster_row = FALSE参数设定不对行进行聚类；cluster_cols = FALSE参数设定不对列进行聚类

pheatmap(data.1,

cluster_row = FALSE,cluster_cols = FALSE)

 自己需要将其cluster_col=FALSE，不对列进行聚类

clustering_distance_rows行聚类距离度量

# 行列聚类距离度量

# clustering_distance_rows = "correlation"参数设定行聚类距离方法为Pearson corralation，默认为欧氏距离"euclidean"

#clustering_distance_cols 表示列距离度量的方法

pheatmap(data.1,clustering_distance_rows = "correlation",

clustering_distance_cols= "correlation" )

 

3.2.3 treeheight_row 设置行的聚类树高，treeheight_col 设置列的聚类树高

# 可以选择一个合适的聚类高度

pheatmap(data.1,

treeheight_row=100,treeheight_col=50)

 3.2.4 设置热图的颜色

color参数来修改颜色,这里使用赋值渐变颜色调色板colorRampPalette

# 选择“紫，白，红”渐变，分为50个等级，可以选择自己喜欢的颜色，但是需要美感

pheatmap(data.1, color = colorRampPalette(c("navy", "white", "firebrick3"))(50))

 

 3.2.5 热图单元格设置

它默认是有单元格的，所以我们可以修改单元格的边框颜色或者将其去掉

border_color参数设定热图格子的边框色

将边框设置为黑色 

pheatmap(data.1, border_color = "black")

 border=FALSE参数去掉边框线

 3.2.6 设置单元格高度和宽度

cellheight 修改每个单元格的高度；cellwidth 修改每个单元格的宽度

# 将单元格的高度和宽度都设置为20

pheatmap(data.1,cellwidth = 20, cellheight = 20)

 

display_numbers = TRUE设定每个热图格子中显示相应的数值；fontsize 修改热图中字体大小10number_color 设置显示内容的颜色blacknumber_format 修改数值的格式，常用的有 "%.2f"（保留小数点后两位） "%.1e"（科学计数法显示，保留小数点后一位）

# 数值大于1.5的用*表示

pheatmap(data.1, display_numbers = matrix(ifelse(data.1 > 1.5, "*"," "), nrow(data.1)))

 3.2.7 图例的设置

# 设定图例显示范围，添加图例标签

pheatmap(data.1, legend_breaks = c(-2:2),

legend_labels = c("-1.0","0.0","1.0","2.0","3.0"))

# legend = FALSE 去掉图例

pheatmap(data.1,legend = FALSE)

3.2.8行名和列名的设置

show_rownames和show_colnames参数设定是否显示行名和列名 

去除行名

pheatmap(data.1,show.rownames=FALSE)

利用angle_col参数去设置列标签的角度，可以选择0，45，270，315

最终，使用了下面一系列参数进行绘图美化

 

 最后，大家如果需要更详细是参数设置，可以参考使用R语言绘制热图：R包pheatmap的全参数详细介绍 - 简书

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