GEO数据库可以说是大家使用频率贼高的数据库啦！那它里面的数据怎么下载大家知道嘛！今天给大家展示一种快速获取它的表达矩阵和临床信息的方法！话不多说！咱们直接开始！GEO编号获取在GEO数据库中，你找到了你需要的数据，接下来怎...

准备工作单指标多个指标联合指标模型比较准备工作#安装并加载所需要的R包以pROC包自带的数据集“aSAH"为例#查看数据集View(aSAH #注意view里的“V”要大写#查看数据集结构黄色部分代表数据集有113个样本，...

文章目录一、重复和循环1. for循环2. while循环二、条件分支1.if-else2.switch三、创建函数1.不含参数的函数2.含参数的函数四、和操作系统的交互1.计算CPU time2.历史的存储和读取3.工作目...

在多操作系统环境中，CentOS 7.6和Windows系统各自独占鳌头，它们在功能、稳定性、兼容性以及安全性等方面都有着各自的优点。这篇文章将对比分析这两个操作系统，以便用户能更好地了解它们的特点和使用方式。一、使用方式C...

之前R的版本是4.1是可以正常运行的，但是升级为4.2版本时就报错了，如上图，我尝试了多种方法，最后发现用Seurat的as.sparse函数可以运行,也就是把data.matrix换成as.sparse但是我发现了聚类的结...

文章目录普通最小二乘回归（OLS）简单线性回归多项式回归多元线性回归回归诊断标准方法QQ图正态性检验残差图误差的独立性成分残差图（偏残差图） 线性同方差性线性模型假设综合验证异常观测值高杠杆值强影响点变量添加图气泡图选择最佳...

原文链接：http://tecdat.cn/?p=27474 考虑我们从实验、事件等中观察到一些数据 y 的情况。我们将观察结果 y 解释为某个随机变量 Y 的实现：统计模型是对未知参数 θ 的 Y 分布的规范。通常，观测值...

R语言评估回归模型预测因素（变量、特征）的相对重要性（Relative importance）、将回归模型的预测变量标准化（scale）之后构建模型获得标准化回归系数来评估预测变量的相对重要性目录...

原文链接： http://tecdat.cn/?p=3805 我们在这里讨论所谓的“分段线性回归模型”，因为它们利用包含虚拟变量的交互项（点击文末“阅读原文”获取完整代码数据）。读取数据查看部分数据###########用l...

R语言使用car包的crPlots函数可视化成分残差图（也称偏残差图）来寻找因变量和自变量之间是否存在非线性关系的证据、是否满足回归模型的Linearity（线性度）（Component plus residual plot...

用R语言进行聚类分析：确定聚类数聚类分析是一种常用的无监督学习方法，用于将数据集中的对象划分为互相相似的组或簇。其中，K-means聚类是一种常用的聚类算法，它通过将数据点分配到K个簇中，使得簇内的数据点相似度最大化，而簇间...

原文链接：http://tecdat.cn/?p=22849当需要为数据选择最合适的预测模型或方法时，预测者通常将可用的样本分成两部分：内样本（又称 "训练集"）和保留样本（或外样本，或 "测试集"）。然后，在样本中估计模型...

一、数据准备10X单细胞转录组理论上有3个文件才能被读入R进行seurat分析，分别是barcodes.tsv 、 genes.tsv和matrix.mtx，文件barcodes.tsv 和 genes.tsv，就是表达矩阵...

R语言置信区间计算（confidence interval）、计算均值差对应的置信区间、为均值差构建95%执行区间、使用glue包把最终结果以标准格式输出目录...

3、make_系列：igraph的建图工具按照定义，正则图是指各顶点的度均相同的无向简单图，因为我目前没有找到描述度相等的有向（或自环图）的标准名称，所以在本文中借用一下这个概念，并加上定语有向无向，用以描述那些图中所有顶点...

 个人信息：酷在前行 版权: 博文由【酷在前行】原创、需要转载请联系博主 如果博文对您有帮助，欢迎点赞、关注、收藏 + 订阅专栏 本文收录于【R模型】，该专栏主要介绍R语言各类型机器学习，如线性回归模型、广义线性模型...

R语言层次聚类：通过内平方和（Within Sum of Squares, WSS）选择最优的聚类K值、以内平方和（WSS）和K的关系并通过弯头法（elbow method）获得最优的聚类个数目录...

一、案例介绍本项目旨在对鸢尾花数据集进行于混合高斯模型的聚类，并且深入分析与探索，以揭示数据的潜在模式与内在关联。通过对数据进行预处理，包括但不限于处理缺失值、异常值、标准化等操作，我们将确保数据的准确性和一致性。随后，将运...

最近我们被客户要求撰写关于自组织映射神经网络的研究报告，包括一些图形和统计输出。 【视频】KMEANS均值聚类和层次聚类：R语言分析生活幸福质量系数可视化实例KMEANS均值聚类和层次聚类：R语言分析生活幸福质量系数可视化实...

潜在类别分析是一种分析多元分类数据的统计技术。当观测数据以一系列分类响应的形式出现时- -例如，在民意调查、个人层面的投票数据、人与人之间可靠性的研究或消费者行为和决策中- -通常感兴趣的是调查观测变量之间的混淆来源，识别和...

# 网络是研究微生物生态共现模式的常用方法。在这一部分中，我们描述了trans_network类的所有核心内容。 # 网络构建方法可分为基于关联的和非基于关联的两种。有几种方法可以用来计算相关性和显著性。 #我们首先介绍了基...

对于分类预测模型的表现评估我们最常见的指标就是ROC曲线，报告AUC。比如有两个模型，我们去比较下两个模型AUC的大小，进而得出两个模型表现的优劣。这个是我们常规的做法，如果我们的研究关注点放在“在原模型新引入一个预测变量，...

原理讲解1、层次聚类这里主要使用R自带的聚类分析功能，不用指定类别的数目 hclust( ** (1 pvclust 生成碎石图、P值和突出显示的方框**在线案例1在线案例2数据预处理鸢尾花数据：根据花萼和花瓣的长度进行...

pheatmap函数的学习0、pheatmap包的安装与加载安装和加载要分别执行哦，安装完成以后再加载# 安装包执行以上命令后出现以下即为安装完成# 加载包加载包会瞬间完成哒～# 验证是否成功安装1、在R Studio中的p...

R 语言作的开源、自由、免费等特点使其广泛应用于生物群落数据统计分析。生物群落数据多样而复杂，涉及众多统计分析方法聚焦群落生态学研究领域，从R语言基础操作和作图、数据准备整理，到各种数量分析方法的应用情景分析，实现从数据整理...

零基础入门转录组分析——数据处理（GEO数据库——高通量测序数据）目录零基础入门转录组分析——数据处理（GEO数据库——高通量测序数据）1. 数据集获取2. 数据处理（Rstudio）3. 数据标准化（Rstudio）GEO...

R语言是一种广泛应用于数据分析、统计建模和可视化的编程语言。它由新西兰奥克兰大学的罗斯·伊哈卡和罗伯特·杰特曼开发，并于1993年首次发布。R语言是一个免费、开源且跨平台的语言，它在统计学和数据科学领域得到了广泛的应用。R语...

一、宏观因素X对微观因素Y影响的Stata模拟clear//清空当前工作区set seed 123//设置随机数种子为123，以确保结果可重复set obs 500//设置数据集大小为500行（观测值）//生成一个名为 “g...

我以前写过临床微生物组的文章，其中数据分析用过microeco包，在这里，将我学到的资源分享给大家。R语言microeco:一个用于微生物群落生态学数据挖掘的R包。主要功能R6类;分类群丰度图，维恩图，Alpha多样性，Be...

R语言ggplot2可视化设置y轴坐标为百分比（percent）、但是百分比数值包含小数点零（50.0%）、移除百分比后面的0（是50%而非50.0%）目录...

WGCNA 分析流程 2008 年发表在 BMC 之后的影响力还是很高的，先后在各大期刊都能看到，但是就其分析的过程来看，还是需要有一定 R 语言的基础才能完整的复现出来文章中的结果，这期就搞出来供大家参考，因为我自...

全文下载链接：http://tecdat.cn/?p=21444在本文中，逻辑logistic回归是研究中常用的方法,可以进行影响因素筛选、概率预测、分类等，例如医学研究中高通里测序技术得到的数据给高维变量选择问题带来挑战，...

全文链接：http://tecdat.cn/?p=31123分析师：Yihan Mao本文为客户提供咨询，让个人购买人员了解美国国债期货的特性，以便于进行个人投资及管理。任务/目标由于国债期货的方便，可以快速交易，所以无论是...

用R语言进行回归后的残差分析回归分析是一种常用的统计方法，用于探索自变量与因变量之间的关系。在进行回归分析后，我们通常需要对残差进行分析，以评估回归模型的拟合程度和检查模型的假设。本文将手把手教你如何使用R语言进行回归后的残...

使用R语言进行gsva分析是遇到报错，如何解决？运行gsva代码后提示报错，如下：说明输入的数据类型是“data.frame”和"list"，而gsva函数要求输入的是"matrix array”和"list"，数据格式不正...

在遵循类似的指南时，我注意到存在大量差异以及相对简单但浪费时间的问题。这促使我创建了本指南。此外，我更喜欢了解我正在执行的操作，而不是简单地复制命令，因此我在这里包含了一些方便的定义。何必呢？拥有一个适用于所有事情的 IDE...

【R语言文本挖掘】：情感分析与词云图绘制个人主页：JOJO数据科学个人介绍：小编大四统计在读，目前保研到统计学top3高校继续攻读统计研究生如果文章对你有帮助，欢迎✌关注、点赞、✌收藏、订阅专栏✨本文收录于【R语言...

此文为《精通机器学习：基于R》的学习笔记，书中第二章详细介绍了线性回归分析过程和结果解读。回归分析的一般步骤：1. 确定回归方程中的自变量与因变量。2. 确定回归模型，建立回归方程。3. 对回归方程进行各种检验。4. 利用回...

今天写代码，输入居然反复报错，显示无法启动png( 装置无法打开'C:/Users/???~1/AppData/Local/Temp/RtmpGYolsA/74035c08e55b474aab1529cda3c6b3f5.p...

Excel表格中数字变成E+，如何快速恢复？目录Excel表格中数字变成E+，如何快速恢复？1、如下图的数字，显示不完整，显示E+2、选中数字，鼠标右键点击【设置单元格格式】3、在数字选项卡中，点击【自定义】，在类型中输入【...

1.设置工作目录和安装和加载所需的R包 需要安装vegan包，利用命令install.packages("vegan" 如图显示，表明安装成功并加载 2.导入数据利用read.table( 函数来导入原始数据 header...

注意：今天的教程比较长，请规划好你的时间。本文是付费内容，在本文文末有本教程的全部的代码和示例数据。输出结果分析代码关于WGCNA分析，如果你的数据量较大，建议使用服务期直接分析，本地分析可能导致R崩掉。设置文件位置加载分析...

R | R包安装报错-github连接速度慢或无法访问 | metaboanalystR | Retip | rJava安装一、metaboanalystR 安装1.1 Bioconductor报错，无网络连接1.2 git...

目录 问题：解决：完整错误： 问题：˃ library(ggplot2 Error: package or namespace load failed for ‘ggplot2’ in loadNamespace(j =...

使用R语言中的smotefamily包处理多分类类不平衡数据在机器学习中，数据集的类别分布通常是不平衡的，即某些类别的样本数量明显少于其他类别。这可能导致模型在预测时对少数类别的性能较差。为了解决这个问题，可以使用过采样技术...

在SCI文章中，交互效应表格（通常是表五）能为文章锦上添花，增加文章的信服力，增加结果的可信程度，还能进行数据挖掘。 交互效应表我在既往文章《R语言手把手教你制作一个交互效应表》已经介绍怎么制作了，详细的可以去看一下。 本...

R语言中的分类变量和虚拟变量在数据分析和统计建模中，分类变量是一种常见的数据类型。在R语言中，我们可以使用虚拟变量来处理和表示分类变量。本文将介绍R语言中分类变量和虚拟变量的概念，并提供相应的源代码示例。分类变量分类变量是指...

虽然已经有了很多细胞亚群与细胞状态，并且通过基因表征了各种细胞亚群的功能，但是细胞与细胞之间是否存在潜在的关联，也决定了肿瘤微环境当中组织所处的表型特征是什么。因此这一节是必要的，下面开始探讨细胞间的互作在不同组织间的情况。...

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全文链接：http://tecdat.cn/?p=18422本文想在R软件中更好地了解分位数回归优化。在查看分位数回归之前，让我们从样本中计算中位数或分位数（点击文末“阅读原文”获取完整代码数据）。相关视频中位数考虑一个样本...