@创建于:20221113 @修改于:20221113文章目录1、情况介绍2、环境变量配置3、参考资料1、情况介绍win10 64bit系统中,已经安装好了R,Rtools ,Rstudio,并且已经配置了java开发环境。...
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windows 10中R的环境变量配置
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GEO数据挖掘 基因数据分析 生信分析 R GEO生信数据挖掘(二)下载基因芯片平台文件及注释
检索到目标数据集后,开始数据挖掘,本文以阿尔兹海默症数据集GSE1297为例 目录 下载平台文件 1.AnnotGPL参数改为TRUE,联网下载芯片平台的soft文件。(国内网速奇慢经常中断) 2.手工去GEO官网下载 转换...
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GEO数据挖掘 R 基因数据分析 生信分析 GEO生信数据挖掘(四)数据清洗(离群值处理、低表达基因、归一化、log2处理)
检索到目标数据集后,开始数据挖掘,本文以阿尔兹海默症数据集GSE1297为例目录离群值处理删除 低表达基因函数归一化,矫正差异数据标准化—log2处理 完整代码上节围绕着探针ID和基因名称做了一些清洗工作,还做了重复值检查,...
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R GEO数据挖掘 基因数据分析 生信分析 GEO生信数据挖掘(八)富集分析(GO 、KEGG、 GSEA 打包带走)
第六节,我们使用结核病基因数据,做了一个数据预处理的实操案例。例子中结核类型,包括结核,潜隐进展,对照和潜隐,四个类别。第七节延续上个数据,进行了差异分析。 本节对差异基因进行富集分析。目录数据展示GO富集分析 -对基因名称...
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人工智能 GEO数据挖掘 基因数据分析 生信分析 R GEO生信数据挖掘(六)实践案例——四分类结核病基因数据预处理分析
前面五节,我们使用阿尔兹海默症数据做了一个数据预处理案例,包括如下内容:GEO生信数据挖掘(一)数据集下载和初步观察GEO生信数据挖掘(二)下载基因芯片平台文件及注释GEO生信数据挖掘(三)芯片探针ID与基因名映射处理GEO...
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基因数据分析 生信分析 R GEO生信数据挖掘(三)芯片探针ID与基因名映射处理
检索到目标数据集后,开始数据挖掘,本文以阿尔兹海默症数据集GSE1297为例目录处理一个探针对应多个基因1.删除该行2.保留分割符号前面的第一个基因处理多个探针对应一个基因详细代码案例一删除法详细代码案例二 多个基因名时保留...
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